Le système militaire de Perfidia Mundus est très simple : un joueur peut déclarer la guerre a un pays pendant son tour. Il annonce alors au MJ combien de richesses il compte investir dans la guerre, et s'il fait pierre, feuille ou ciseau. Le joueur défenseur fait de même, sans savoir combien a «misé» l'attaquant. Pour calculer la puissance militaire de chaque pays on calcule (richesse misée + territoires du pays) x militaire. Le joueur avec le plus gros score emporte la guerre et prend un point de territoire à l'autre, qu'il soit attaquant ou défenseur. Il prend un point de territoire supplémentaire si sa puissance fait au moins le double de la puissance adverse, et un autre point supplémentaire si il a gagné le pierre-feuille-ciseau.
Des modificateurs peuvent donner des bonus au pourcentage de valeur militaire le temps d'une guerre, ou affecter le nombre de territoires gagnés.